Os planos de hospedagem Linux são planos cujos sites rodam em um servidor configurado com Linux.
Isto não interfere de maneira alguma na utilização de seu site a partir de máquinas com Windows. Alías, uma grande parcela dos sites que existem na Internet rodam em servidores Linux, e provavelmente você nunca sentiu diferença ao acessar estes sites a partir de seu micro com Windows.