Sim, você pode editar os arquivos HTML gerados pelo Construtor de Sites no diretório de seu site, porém você não deve fazer isso.
Cada vez que a publicação do site é feita no construtor, no passo 5, as páginas são geradas a partir dos dados gravados no banco de dados do construtor, e então gravadas no site sobrescrevendo os arquivos que existirem lá.
O construtor nunca importa os arquivos que já estão no site, e deste modo ele não fica ciente de nenhuma alteração que tenha sido feita nestes arquivos.
Deste modo, se você resolver editar os arquivos gerados pelo construtor com um programa externo, você não poderá mais fazer a publicação do site no construtor, pois isso vai sobrescrever os arquivos que você modificou.